Les reptiles sont variés et hétérogènes. Si nous comparons les reptiles de Madagascar, avec ceux d'Afrique, on constate l'absence de vipère, de cobra, de varan (de grands reptiles sauriens) et de python.

Par contre la Grande Ile abrite les deux tiers des caméléons du monde qui ici sont représentés par un grand nombre assez élevé de formes et de couleurs.

· Le caméléon: Dans les forêts humides on trouve différentes espèces qui sont des caméléons les plus adaptés à la forêt. On trouve d'autres espèces vivant dans les milieux altérés et les forêts sèches. L'espèce la plus répandue est le caméléon panthère qui vit dans plusieurs types d'habitat et peut se retrouver aussi dans des zones d'herbes.

Des espèces naines courent un peu partout sur terre. Leur queue est différente.

· Les geckos et les iguanes: Un grand nombre de geckos existe à Madagascar. Les plus connues sont les espèces diurnes que l'on distingue habituellement par leur coloration vert brillant plus ou moins ornée de taches rouges. Un certain nombre d'espèces ne vivent qu'à l'intérieur des forêts, tandis que d'autres peuvent aussi être observées dans les villes et autres milieux. Une sorte de gecko vert est appelée « tsatsac ».

On rencontre aussi des lézards typiques des milieux arides qui sont des iguanes qui ressemblent assez à ceux du continent américain.

· Les serpents:Dans la catégorie boa, on trouve trois des quatre espèces du monde. B. Manditra, B. Madagascariensis, B. Dumerilii. La quatrième espèce est présente en Amérique du sud. Dans les trois espèces malgaches, aucune n'est dangereuse pour l'homme.

Madagascar est aussi caractéristique parce qu'il n'abrite pas de serpents vraiment venimeux. Les serpents sont nombreux à Madagascar, mais peu dangereux, tel l'inoffensif do, proche cousin du boa constrictor d'Amérique du sud. Une sorte de couleuvre grosse comme le bras, habite aussi cette terre. On la nomme « Mandouts ». Elle mange les rats et les petits oiseaux dans les nids et n'est point venimeuse. Ce terme désigne de nos jours le boa des forêts connu aussi sous le nom de Do Panjaka. Une couleuvre diurne présente sur le sol malgache est nommée Menora.

En réalité, au sujet des reptiles venimeux, il y en a chez les serpents qui ont des glandes venimeuses, mais elles sont positionnées, dit on, dans la partie postérieure de la mandibule et ces serpents sont inoffensifs. Ceux que l'on peut le plus facilement rencontrer dans la Grande Ile, sont ceux appartenant au genre Madagascaophis qui sont nommés en malgache « lapata ».

On peut aussi citer le serpent liane : langaha madagascariensis, remarquable comme serpent.

· Les tortues: On ne peut pas parler de Madagascar sans rappeler les tortues terrestres. De belles espèces et menacées y sont présentes. Celle qui est la plus connue est la tortue radiée : geochelone radiata, typique du sud malgache. Bien qu'elle soit encore abondante, elle est menacée par la capture et par la construction de routes.

Au nord de l'île, il est possible de visiter la réserve d'ampijoroa où est installé un centre de reproduction d'une espèce de la Grande Ile. Le genre radiata et pelusios sont très courants. En fait, 8 espèces du genre pelusios sont présentes à Madagascar, Afrique, Maurice et Seychelles. Elles se reconnaissent par leur plastron à charnière pouvant se fermer hermétiquement en cas de danger.

· Le crocodile: A Madagascar, il est aussi possible de trouver des crocodiles. Ils appartiennent à l'espèce présente sur le continent africain : le crocodile du Nil (crocodylus niloticus).

Actuellement les populations résiduelles de ce reptile se trouvent sur quelques fleuves de l'ouest, comme le Tsiribihina, le Manambolo, et le Betsiboka.

D'autres groupements d'espèces assez connues sont celles des grottes de l'Ankarana et celles de Nosy Be où ces crocodiles sont protégés par des tabous.