Le socle ancien qui affleure sur les deux tiers de l'île, présente d'anciens reliefs plissés qui ont subi des transformations avec des granites et des pegmatites. Cette très ancienne terre forme la masse centrale et se compose de roches cristallines aux formes lourdes et éruptives, mais aussi des vallons évasés par l'usure d'une longue érosion. Son relief correspond exactement à la distribution des différents éléments géologiques.

Ailleurs il est recouvert de sédiments riches en fossiles et d'épanchements volcaniques présentant une dissymétrie est-ouest. Celle-ci conditionne l'orientation des grands bassins hydrographiques.

Les Hautes Terres dominent la bordure orientale par un escarpement et s'abaissent lentement vers l'ouest. Elles sont constituées d'un enchevêtrement de plateaux, de collines, de massifs compacts, mais aussi de hautes plaines et de vastes bassins, comme le Betsimisaraka autour de Tananarive. Les massifs montagneux culminent à 2876 mètres dans le Tsaratanana, 2643 mètres dans l'Ankaratra et 2658 mètres dans l'Andringitra. Les altitudes ne sont pas très élevées à Madagascar, mais la neige a déjà été observée certaines années sur le Pic Boby dans le massif de l'Andringitra où les températures hivernales avoisinent fréquemment -10°C.

Sur le versant oriental, les rivières ont été à l'origine de petites plaines, qui, séparées par des collines, s'élèvent jusqu'au pied de l'escarpement. Sur le versant occidental, en revanche, les deux grands bassins sédimentaires du Boina et du Menabe présentent autour de Mahajanga et de Morondava, de vastes étendues planes dominées par des plateaux calcaires culminant à plus de 900 mètres.

Le nord du pays quant à lui, regorge de cuvettes et de plaines enchâssées dans des formations volcaniques, karstiques ou cristallines, et débouchent sur des deltas alluviaux. Cette côte est découpée de baies plus ou moins hospitalières dont la meilleure est la superbe baie de Diégo-Suarez à l'extrémité nord.

La complexité de cette partie du pays s'oppose à la relative uniformité de la pointe méridionale de l'île.

L'est est adossé à un rebord. Les chaînes, presque rectilignes depuis Fort Dauphin jusqu'à la baie d'Antongil, situées dans cette région sont essentiellement constituées d'une pénéplaine dont l'altitude varie entre 150 et 500 mètres et d'un chapelet de lagunes diverses. La majeure partie du pays est recouverte d'une terre rutilante. Cet adjectif, lui a valu le surnom de « l'île Rouge ». En raison d'une relative pauvreté des terres, Madagascar recèle un véritable trésor minéral.

La diversité des sites est présente dans la végétation, et les paysages passent du fourré épineux des zones sub-arides du Sud, à la luxuriante forêt humide de l'Est. Ajoutons aussi que dans les forêts sèches de l'Ouest, les mangroves, les lacs et rivières, sans oublier les vastes zones, transformées par l'homme, se composent de sortes de déserts herbeux parfois égayés par des rizières aux creux des vallées humides.